Desde el punto de vista de las relaciones entre religión y política, el siglo XX comienza en Cuba con la instauración de una República laica -aunque no atea- donde la Iglesia católica, mayoritaria en el país, deja de ser la religión oficial. Conserva, sin embargo, vínculos residuales con el nuevo Estado. Unos, protocolarios, pues sus prelados son invitados a los festejos oficiales; otros legales, pues se discute si debe o no inscribirse en los registros públicos para tener personalidad jurídica; además, el matrimonio canónico tiene efectos civiles y las partidas de bautismo anteriores al establecimiento del Registro Civil son consideradas documentos públicos fehacientes. El Estado no interviene en la vida interna de la Iglesia (en el nombramiento de obispos, canónigos, párrocos, etc.) y la misma tiene plena libertad para fundar o introducir órdenes religiosas, crear escuelas primarias y secundarias y efectuar sus ceremonias dentro y fuera de los templos. Por otra parte, tiene la promesa legal de que todas las expropiaciones forzosas decretadas por el gobierno colonial serán -y fueron- compensadas. No hay relaciones diplomáticas con la Santa Sede, pero se permite la presencia de un Delegado Apostólico, representante oficioso y semi-diplomático del Vaticano en La Habana.

Las demás religiones (los casi recién llegados protestantes, los cultos afrocubanos(15) y los poquísimos judíos) no tienen interés en participar en la vida política del país. De las cuasi religiones existentes, el espiritismo y la también recién llegada teosofía, no se interesan tampoco en política. Sólo la masonería -que afirma no ser una religión pero que se le parece mucho- está vinculada a la actividad política. Sin embargo, aunque es una institución de mucha influencia política y social, no disfruta en Cuba de un poder capaz de determinar las decisiones claves en el quehacer público. Es desde luego enemiga de la Iglesia.¹⁶

En el plano de la teoría política, la Iglesia continúa sustentando la doctrina de la unión entre la Iglesia y el Estado en los países católicos. Su capacidad de acción está sin embargo limitada por el auto-encierro del Papa en el Vaticano, o sea, la llamada Cuestión Romana que se extenderá desde 1871 hasta 1929.

Desde el cese de la soberanía española, la Iglesia comenzó a prepararse para conseguir una mejor situación jurídico-constitucional. Entre 1898 y 1940 se reorganizó eficientemente. Se crearon cuatro nuevas diócesis que coincidían con los límites de las provincias civiles y sus sedes con las capitales provinciales, salvo en el centro de la Isla cuya ciudad episcopal fue Cienfuegos y no Santa Clara. Los obispos residenciales fueron mayoritariamente cubanos aunque en 1959 dos de los seis prelados todavía eran españoles. ¹⁷ Mucho del clero, más el regular que el secular, era también mayoritariamente de origen peninsular. Liberada la Iglesia de las restricciones para el establecimiento de órdenes religiosas que disponía la legislación española, proliferaron en Cuba las fundaciones de parte de órdenes religiosas de ambos sexos dedicadas a la enseñanza y a la asistencia social. Entre 1899 y 1914 se fundaron casi cuarenta colegios católicos. ¹⁸

En realidad, el primer gran revés de la Iglesia en Cuba ocurrió en 1918. En ese año se promulgó la Ley número 29 que abrogó la Orden Militar número 140 de 1901 del general Leonard Wood. La susodicha ley le quitó validez civil al matrimonio canónico y estableció el divorcio vincular. Sin embargo, no dispuso que el matrimonio civil fuese previo al eclesiástico como es preceptivo en no pocos países hispanoamericanos, y como hoy se exige en la Isla. Curiosamente el Partido Conservador estaba en el poder. Otra atipia cubana...

Pero fue en el año de 1923 en que ocurrió el primer choque serio entre católicos y anticlericales. Se trató del Primer Congreso Nacional de Estudiantes. En ocasión del mismo aparecerá por primera vez en el escenario político una fuerza -todavía muy débil- que será el nuevo y formidable enemigo de la Iglesia católica: el comunismo. Aunque el Partido Comunista de Cuba no se organizó hasta 1925, ya en 1923 había grupos de esa tendencia.¹⁹ Los nuevos anticlericales -junto con la masonería y otros librepensadores- les presentaron batalla a los egresados de los colegios católicos durante el susodicho congreso. Adujeron que a los graduados de estos les faltaba patriotismo. Líderes comunistas como Julio Antonio Mella, Ildefonso Bernal del Riesgo y Fernando Sirgo, intentaron que dicha reunión condenara la existencia de la libertad de enseñanza y propugnara la estatización de la docencia en Cuba, imponiendo un neopositivismo antirreligioso. Esta moción fue rechazada por la mayoría de los participantes del congreso. Como lógica reacción, los católicos comenzaron a organizarse en el ámbito nacional creando nuevas asociaciones de fieles.

En ese mismo año se fundó la Liga Anticlerical de Cuba. Esta organización perduró bastante y creó la revista El Anticlerical. La publicación fue animada por la poeta anarquista española Belén de Sárraga.²⁰ Los anarquistas, presentes desde los inicios de la actividad sindical en Cuba,²¹ habían proliferado con el asentamiento en la Isla de obreros españoles emigrados tras la instauración de la República cubana. Llevaron a la Isla lo que Fornés Bonavía llama "un anticlericalismo ideológico, no nacional". ²²

En vista de todo lo anterior, la Iglesia comenzó a tratar de encuadrar a sus masas, pero el proceso iba a ser muy lento. ¿Razones? Había varias: 1. todavía pesaba mucho el pasado pro colonialista; 2. la Iglesia carecía de fondos -si hubiera tenido los efectivos humanos- para organizar un partido, movimiento o facción, como los cristeros en México en los años veinte; 3. el Papa, resuelta la Cuestión Romana y establecido el Estado de la Ciudad del Vaticano, no favorecía la organización de partidos de inspiración católica. En la vida política cubana de los años veinte y treinta la Iglesia era un debilísimo grupo de presión. Es de notar que ni un solo líder importante de la Revolución del 33 salió de las filas católicas.

No obstante lo anterior, la Iglesia consiguió algunos logros en lo jurídico, tanto en el orden del Derecho Interno como en el del Derecho Internacional Público.

Por la sentencia del Tribunal Supremo de la República número 154 de 8 de diciembre de 1934 se sentó jurisprudencia y se estableció una doctrina legal a tenor de la cual el Concordato de 1851 entre España y la Santa Sede seguía vigente dentro del derecho civil cubano, al sólo efecto de reconocer la personalidad jurídica de la Iglesia como entidad de derecho público del Estado cubano y por ende no resultarle necesario inscribirse en los registros públicos como una asociación civil o una entidad mercantil tal como ocurría en Filipinas y Puerto Rico. Todo ello a pesar del principio constitucional de separación de la Iglesia y el Estado.

En el orden jurídico internacional Cuba estableció relaciones diplomáticas con la Santa Sede durante la presidencia de Carlos Mendieta Montefur. El gobierno cubano declaró que estas relaciones se entablaban por ser el catolicismo la religión de la mayoría del pueblo.

En 1939 ante la inminente aprobación de una nueva carta constitucional, la jerarquía católica en Cuba se dirigió a los miembros de la Constituyente y solicitó, en nombre de la mayoría católica del país, una vuelta al status quo anterior a 1918 (abrogación del divorcio y validez civil del matrimonio canónico) y hasta quizás más atrás, pues pedía además el restablecimiento de la enseñanza católica en las escuelas públicas. Era un programa político muy ambicioso para una organización con tan poco peso en la vida pública nacional. La Exposición del Episcopado fue acremente criticada por los enemigos de la Iglesia. Dado su poco potencial político, su situación en el orden constitucional no mejoró, pero al menos no retrocedió con la nueva carta política.

En la discusión de la Constitución de 1940 se reprodujeron casi exactamente los acaecimientos de la Constituyente de 1901, aunque con variantes. Volvieron a estar sobre el tapete la invocación del favor de Dios y la redacción de la fórmula de separación entre la Iglesia y el Estado. Los comunistas llevaron la voz cantante contra la invocación, pero perdieron. Se repitió la fórmula de separación entre la Iglesia y el Estado adoptada en 1901. Los comunistas intentaron que se suprimiera la alusión a la moral cristiana, pero nuevamente fracasaron.²³ La Constitución de 1940 no modificó en definitiva la situación jurídica de la iglesia cubana, simplemente repitió lo estatuido a principios del siglo XX. La religión oficialmente continuaba constreñida a la esfera de lo privado, con tenues conexiones con el Estado, pero éste no intentaba aniquilarla.

A partir de la Segunda Guerra Mundial algunos laicos católicos comenzaron a pensar en la creación de un partido de inspiración católica. Por otra parte, en 1942 se estableció oficialmente la Acción Católica en Cuba. Se declaró explícitamente que el movimiento no tenía carácter político.²⁴ Sin embargo, históricamente, algunos de sus líderes se convirtieron en dirigentes políticos. Otra fragua de líderes brotó de la Agrupación Católica Universitaria (ACU), una congregación mariana. En Europa, en plena post guerra, habían surgido partidos demócrata-cristianos. Dentro de la atmósfera de la Guerra Fría estos partidos se habían hecho con el poder en Italia y en Alemania. En la Isla no se organizó en aquel momento ningún movimiento similar. A título personal, dos católicos militantes: Manuel Dorta Duque (de los Caballeros de Colón) y Ángel Fernández Varela (de la ACU) fueron electos a la Cámara de Representantes. Su actuación fue adecuada, pero su ejemplo no se propagó. Otros dos en distintos momentos ocuparon cargos en el gobierno: Pastor González García, como Subsecretario de Hacienda, antes de 1940, y Juan Antonio Rubio Padilla, como ministro de Salubridad durante la presidencia de Carlos Prío Socarrás en los cincuenta.