En los años previos al golpe de Estado del 10 de marzo de 1952 comenzó a gestarse un partido político de inspiración católica. Se llamó primero el Movimiento Humanista (1949). Su base ideológica era el personalismo de Emmanuel Mounier y Jacques Maritain. Su fundador: Rubén Darío Rumbaut. En 1954 surgió el Movimiento de Liberación Radical. El líder más destacado del mismo fue el doctor Andrés Valdespino Godínez, profesor de la Facultad de Derecho de la Universidad de La Habana. Este desprendimiento de los humanistas llegó a organizarse como partido político. A esos grupos les faltó tiempo para madurar y crecer. También les faltó un financiamiento adecuado. Fueron algo parecido a los partidos y movimientos de principios y mediados del siglo XIX pero con una importante desventaja: carecieron, entre otras cosas, de un buen periódico de proyección nacional, o al menos de un programa de radio con impacto entre las masas. El cuartelazo batistero produjo que el movimiento fuera "devorado por los proyectos de grupos de hombres más curtidos en las lides políticas".²⁵

En la Constitución de Batista de 1952, se suprimió la invocación del favor de Dios y se repitió la conocida fórmula de separación entre la Iglesia y el Estado.

Si creemos a Gómez Treto²⁶, la Iglesia en la antevíspera de la Revolución de 1959 no estaba tan mal parada con su status constitucional y, sobre todo, con la práctica legal al uso. En su citado libro, Gómez Treto transcribe un texto, según él, tomado de un informe de los obispos cubanos destinado a la reunión de la Comisión Episcopal para la América Latina (CELAM) que se celebró en 1955 en Río de Janeiro. El texto reza:

"A pesar del laicismo imperante, el Estado y la Iglesia han mantenido en Cuba muy buenas relaciones. De hecho, el Estado ofrece a la Iglesia un trato especial, por ser la religión mayoritaria del pueblo cubano, prestándole incluso ayuda económica para la construcción de templos y escuelas y para sus obras de beneficencia, aunque esta ayuda no es regular ni se incluye en el presupuesto nacional".²⁷

En resumen, mantiene Gómez Treto, el principio constitucional de separación entre la Iglesia y del Estado se interpretaba de una manera flexible en beneficio del catolicismo.

El 10 de marzo de 1952 marcó el inicio de un cambio en esta situación. Gómez Treto afirma que "la Iglesia, como institución no participó en las luchas populares de liberación contra la tiranía depuesta, como tampoco participó con tal carácter en las luchas emancipadoras del Siglo XIX".²⁸ Estas afirmaciones hay que matizarlas. Primero, de la Iglesia no puede esperarse una participación activa en la política de un país a menos que se vea atacada directamente como ocurrió en México y en España en la primera mitad del pasado siglo. Mas si comparamos la participación de la jerarquía católica en el siglo XX con la del XIX, se apreciará una diferencia notable. Durante la época de Batista, la Iglesia intentó -débilmente si se quiere- poner paz en las sangrientas luchas políticas de ese momento histórico. Gómez Treto no destaca suficientemente la intervención de Mons. Enrique Pérez Serantes, arzobispo de Santiago de Cuba, quien, entre otras cosas, le salvó la vida a Fidel Castro en 1953. Tampoco habla en detalle de la creación en 1958 de la Comisión de Concordia destinada a lograr un gobierno de unidad nacional.²⁹ Aparte de esto, numerosos dirigentes católicos participaron a título personal en la liza revolucionaria. En contraste con lo acaecido en el siglo XIX, en esta ocasión un sacerdote -el P. Guillermo Sardiñas- terminó la campaña bélica con el más alto grado militar del Ejército rebelde. No fue el único capellán. Ahora bien, también hay que mencionar que no se organizó ningún frente guerrillero con elementos predominantemente católicos. Además, en enero de 1959 el dirigente católico con más rango en el nuevo gobierno era el doctor Andrés Valdespino Godínez, que ocupó por un tiempo el cargo de subsecretario de Hacienda, lo cual era bien poco. Había en el gabinete tres ministros de filiación protestante: José A Naranjo, Faustino Pérez y Manuel Ray.³⁰

La Ley Fundamental de la República de 1959 repitió lo preceptuado en las cartas constitucionales precedentes en cuanto a la separación de la Iglesia y el Estado. No incluyó la invocación al favor de Dios, como tampoco lo habían hecho las otras superleyes de facto: 1933, 1934, 1935 y 1952.

La presencia de capellanes católicos en el Ejército rebelde (hubo algunos bautistas también), la participación y hasta el martirio de militantes católicos en la lucha insurreccional, la vacilante política de los comunistas respecto a la aprobación primero y la participación después en dicha lucha, y quizás hasta el hecho de ser Fidel Castro graduado del Colegio de Belén, de los PP. Jesuitas, hicieron concebir a no pocos católicos la esperanza de superar el laicismo de las cartas constitucionales republicanas y conseguir la inclusión de la enseñanza religiosa (no sólo católica) en las escuelas públicas y hasta el nombramiento de capellanes castrenses. No resulta extraño que la jerarquía se pronunciara ab initio a favor de las primeras medidas revolucionarias del nuevo gobierno. Me refiero a la Ley de Reforma Agraria y a la Campaña de Alfabetización. Sin embargo, desde mediados de 1960³¹ se hizo claro que el gobierno de Castro se inclinaba por la adopción de la ideología marxista-leninista y entregaba la administración de la República a una burocracia formada por los 'creyentes' en dicha doctrina en detrimento de los elementos revolucionarios democráticos.³²

Vino entonces un enfrentamiento entre la Iglesia y el mando revolucionario convertido en Gobierno. Hubo una guerra de pastorales, declaraciones, agresiones, etc., que culminó con la expulsión de Mons. Eduardo Boza Masvidal, obispo auxiliar de La Habana, y de 132 sacerdotes y hermanos legos el 17 de septiembre de 1961³³. A esto siguió la confiscación masiva, en junio de ese año, del sistema escolar católico. Se estatizó la enseñanza privada a todos los niveles. Igualmente se ejerció la coacción psicológica (y en algunos casos hasta física) sobre los religiosos y religiosas extranjeros que quedaban a fin de que se marcharan del país.³⁴ Entre los protestantes se fueron el 90 por ciento de los ministros metodistas y el 66 por ciento de los presbiterianos, tanto extranjeros como cubanos.

En 1962 comenzó el Concilio Ecuménico Vaticano II y se hizo cargo de la Nunciatura Apostólica en La Habana Mons. Cesare Zacchi. Este prelado italiano aplicó en Cuba la llamada Ostpolitik que ensayaba Pablo VI. Para iniciarla, se hizo dimitir a dos de los principales obispos que habían firmado las pastorales de 1960 y 1961, todavía en funciones: Mons. Evelio Díaz Cía, arzobispo de La Habana y Mons. Alfredo Muller San Martín, obispo de Cienfuegos. La Ostpolitik a la criolla tuvo muchas manifestaciones y generó no pocos incidentes. Dentro de esta nueva política eclesial, la jerarquía publicó en abril y septiembre de 1969 las llamadas "pastorales de la paz", condenando el bloqueo imperialista. En 1970 los obispos declararon que si el Partido Comunista de Cuba permitiera en su seno la militancia de los cristianos con vocación política, cualquier católico podría entrar a formar parte del mismo.³⁵

En 1971 se publicaron las Declaraciones del Primer Congreso Nacional de Educación y Cultura y en 1975 las Tesis y Resoluciones del Primer Congreso del Partido Comunista de Cuba. En ellas se abordó el tema del papel de la religión organizada en la sociedad socialista cubana y el de las relaciones entre el Estado y los grupos y denominaciones religiosas. Con el congreso de 1971, el gobierno definió por vez primera su posición frente al fenómeno religioso. En las aludidas declaraciones se estableció como líneas de conducta:

Además, se estimulaba la participación de los creyentes en la construcción del socialismo pero se estimulaba también la promoción de la antirreligiosidad siempre que dicha promoción no fuera burda y se basara en la enseñanza científica.³⁶ En cuanto a las Tesis y Resoluciones del Partido, se reiteró cuatro años más tarde todo lo anterior y se agregó que la Revolución respetaba la libertad de conciencia pero la limitaba al ejercicio privado de los cultos religiosos. De la libertad de cultos se pasaba a la tolerancia de cultos. Se volvía a la época colonial. En otras palabras, el Estado permitía las creencias y los cultos en el ámbito privado pero confiaba eliminarlos mediante una educación basada en la "concepción científico-materialista del universo".